Από το 1994 δημιουργήθηκε σε τέσσερις αποθήκες της νότιας πτέρυγας των αποθηκών Διαμετακόμισης η Πινακοθήκη Κυκλάδων.

Σε μια πόλη σαν την Ερμούπολη, που για πολλά χρόνια ήταν κέντρο του διαμετακομιστικού εμπορίου, οι Αποθήκες της Διαμετακόμησης συγκαταλέγονται στα πρώτα της κτίρια. Χτίστηκαν στα 1834 – 1839 με κρατική δαπάνη σε σχέδια του Ερλάχερ. Ωστόσο, από το μεσοπόλεμο οι Αποθήκες είχαν πάψει να επιτελούν την αρχική λειτουργία τους.

Σήμερα, στην Πινακοθήκη Κυκλάδων φιλοξενούνται  περιοδικά εικαστικές εκθέσεις ενώ παράλληλα λειτουργεί και το μικρό θέατρο της Πινακοθήκης όπου φιλοξενούνται θεατρικές παραστάσεις και συναυλίες.